<form id="qrl5w"></form><tr id="qrl5w"><tt id="qrl5w"></tt></tr>

    <form id="qrl5w"></form>

      <form id="qrl5w"></form>
    1. <nav id="qrl5w"><listing id="qrl5w"></listing></nav>

          <wbr id="qrl5w"><legend id="qrl5w"></legend></wbr>

          <form id="qrl5w"><th id="qrl5w"><track id="qrl5w"></track></th></form>
        1. <wbr id="qrl5w"></wbr>
          歡迎進入上海云序生物科技有限公司官方網站!?? 生物在線????丁香通

          服務熱線 021-64878766

          首頁 > 新聞動態 > 公司新聞

          5 分鐘時間解鎖環狀 RNA 序列查詢技能
          日期:2022年02月08日    來源:云序生物課堂公眾號
          環狀 RNA (circRNA)是近年來非編碼 RNA 研究領域的明星分子。德國Max Delbrück分子醫學中心(Max Delbrück Center for Molecular Medicine)開發和維護的環狀 RNA 數據庫 circBase 收錄了包括人類、小鼠、黑腹果蠅(D.melanogaster)、秀麗隱桿線蟲(C.elegans)以及幾種腔棘魚(Latimeria)在內的多個物種的環狀RNA 數據,供全世界所有研究者公開訪問、查詢和下載。雖然 circBase 數據庫中包含了數十萬環狀 RNA 的龐大數據,但卻擁有友好的用戶使用體驗。就算你以前從來都沒有接觸過 circBase,只消稍稍花上一點時間在電腦瀏覽器內實際上手操作一遍,你也能輕松掌握從 circBase 中查找并下載環狀 RNA 序列的方法。下面,我們就從云序生物提供的環狀RNA測序全轉錄組測序的結果表格出發,教大家如何快速從 circBase 獲取環狀RNA 的序列信息。
          image001.png
          網站鏈接http://circbase.org/
          論文引用:Gla?ar P, Papavasileiou P, Rajewsky N. circBase: a database for circular RNAs. RNA. 2014;20(11):1666-1670. doi:10.1261/rna.043687.113

          按 circRNA ID 搜索環狀 RNA

          在云序生物提供的 HTML 網頁版報告當中,有提供 circRNA 的表達譜以及差異 circRNA 的表格。
          image003.png
          打開表格文件(此處以差異 circRNA 表格“Differentially Expressed circRNA.xlsx”為例)。
          image005.png

          在表格偏右的位置,可以看到 circBaseID 和 source 兩列。在此處的截圖中,若該環狀 RNA 在 circBase 數據庫中有對應的記錄,則 source 一列標記為“circBase”,而 circBaseID 一列顯示該環狀 RNA 的編號;若該環狀RNA 在 circBase 數據庫中沒有記錄,則 source 一列標記為“novel”,而 circBaseID 一列留空。
          image007.png

          以此處截圖中的環狀 RNA “hsa_circ_0004846”為例,復制該 circBase ID,然后在 circBase.org 網站首頁的搜索框中粘貼,隨后點擊“Search”搜索,網站隨后就會返回搜索結果:
          image009.png

          在 circBase 網站上,該 ID 記作“circRNA ID”(上方截圖從左到右第 4 列)。
          更多可用于搜索的關鍵詞

          除了按照 circRNA ID搜索以外,circBase 的網頁搜索還支持按照以下幾類要素來搜索環狀 RNA:(所有類型的關鍵詞均無需區分大小寫)
          NCBI RefSeq transcript ID(例如“NM_027671”);
          基因名(例如“Pvt1”);
          基因組坐標(例如“chrII:123456-7891011”);
          Gene Ontology 條目 ID(例如"GO:0017081");
          DNA或RNA序列(通過網站首頁上方標簽欄當中的“blat”)。
          需要注意的是,云序生物提供的表格當中,環狀 RNA 的基因組坐標(第A列,CircRNAID)與 circBase 上的基因組坐標有細微的差別:
          1.起始位置編號差異:circBase 網站上的基因組坐標的起始位置的編號,比云序生物提供的基因組坐標的起始位置的編號小1(-1)。例如下方截圖當中綠色高亮的環狀 RNA,在 circBase 上的起始位點編號是 5168779,而云序生物提供的起始位點編號是 5168780。
          2.是否給出正負鏈信息:云序生物的表格當中,正負鏈信息以“+”和“-”附加于基因坐標位置的后方(例如下圖當中綠色高亮標注的 chr14:55168780-55169298+),但 circBase 網站上則將正負鏈信息單列為一列(上方截圖從左到右第 3列)。
          image011.png


          搜索結果的查看和下載

          circBase 網站的搜索結果,以表格形式呈現。仍以環狀 RNA “hsa_circ_0004846”的搜索結果為例:點擊“基因組坐標”(genomic position)一列的超鏈接,會跳轉到 UCSC 的基因組瀏覽器(circBase 內部鏡像版);點擊“最佳轉錄本”(best transcript)一列的超鏈接,會跳轉到 NCBI 或 WormBase 中相應的轉錄本信息頁面;點擊“基因名”(gene symbol)一列的超鏈接,會跳轉到NCBI 或 WormBase 中相應的基因信息頁面;點擊“環狀RNA 研究論文”(circRNA study)一列的超鏈接,會跳轉到 PubMed 中相關參考文獻的頁面。
          image009.png
          circBase 的搜索結果也可以導出下載:點擊 Export results 一行的 xlsx、txt 或 csv 字樣,就可以將此次搜索結果以對應的格式下載保存。

          image013.png

          image015.png

           
          若需要下載環狀 RNA 的序列信息,則需要點擊 Export results 一行的 fasta 字樣。隨后,網站將會彈出如下方截圖所示的界面。其中,對于序列數據的來源,可以選擇基因組序列(genomic)或經過剪接后的 RNA 序列(spliced);對于序列數據的范圍,可以指定向上游或向下游多截取的堿基數目。確定好這些選項后,點擊“Search”按鈕即可下載環狀 RNA 的序列信息。
          image017.png

          仍以環狀 RNA “hsa_circ_0004846”的搜索結果為例:若序列來源選取的是“spliced”,不額外截取更多堿基,下載的序列長度將會是 519 bp。對于外顯子來源的環狀 RNA(云序生物提供表格的“Catalog”一列標記為“exonic”的環狀 RNA),建議使用這種設定。
          image019.png

          若序列來源選取的是“genomic”,不額外截取更多堿基,下載的序列長度將會是 11001 bp,即該 circRNA 來源的基因組區域的全長片段。
          image021.png

          到此為止,你就已經掌握 circBase 查找和下載環狀 RNA 的基本方法了。怎么樣?是不是很簡單!


          批量搜索環狀 RNA


          除了簡易的單次搜索以外,circBase 也支持一次性對多個環狀 RNA 進行批量搜索。只需點擊網站首頁上方標簽欄當中的“list search”就能進入批量搜索的界面。
          image023.png

          首先,點選“Organism”的下拉菜單,選取物種;然后,在“Search list”空白區域輸入需要批量檢索的環狀 RNA 的信息(例如具體的 circRNA ID 名、具體的基因組坐標等),也可在“Upload file”處瀏覽本地文本文件上傳;隨后,點擊頁面下方的“Search”按鈕,網站就將返回批量搜索的結果表格。

          image025.png

          image027.png


          批量篩選環狀 RNA

          如果不知道每個環狀 RNA 的詳細信息(例如具體的 circRNA ID 名、具體的基因組坐標等),但仍希望進行批量檢索,circBase 還支持設定條件來篩選環狀 RNA。只需點擊網站首頁上方標簽欄當中的“table browser”就能進入批量篩選的界面。在此界面選定各個篩選條件,隨后點擊頁面下方的“Search”按鈕,網站就將返回批量篩選的結果表格。

          image029.png

          image031.png



          注意事項

          當通過基因組坐標搜索環狀 RNA 時,為避免在不同物種之間發生混淆,最好在關鍵詞后加上空格+三字母物種名縮寫。例如:以“chr14:55168780-55169298 hsa”作為搜索關鍵詞,就能得到人類基因組上的 14 號染色體的55168780-55169298 區域搜索到的環狀 RNA 結果。除了用“hsa”表示人類以外,circBase 中的三字母物種名縮寫還有:“mms”表示小鼠;“cel”表示秀麗隱桿線蟲;“dme”表示黑腹果蠅;“lcm”表示Latimeria chalumnae;“lme”表示 Latimeria menadoensis。
          對于下載得到的文本文件,Windows 電腦用戶可能會遇到換行格式的不兼容問題(因為 circBase 下載的文件默認采用 Unix-style 的 LF 換行)。如果遇到換行格式問題,circBase 官方建議您使用免費的第三方文本編輯器Notepad++  打開
          對于下載得到的序列文件,circBase 將使用 gzip 對序列文件進行壓縮,得到 Unix 系統下默認支持的 tar.gz 格式的壓縮包。Windows 電腦用戶若遇到無法解壓 tar.gz 壓縮包的問題,circBase 官方建議您使用免費的第三方解壓軟件  7-Zip  Powerarchiver 進行解壓。
          如果您的搜索結果當中的 circRNA 數量超過一條 ,下載解壓后得到的每個 fasta 文件將會包含搜索結果當中同一物種的多條不同 circRNA。
           
          云序生物環狀RNA研究優勢

          云序生物作為國內早期提供環狀RNA測序的測序公司,自行建立的環狀RNA數據庫circDB,憑借物種覆蓋廣、數據量大、疾病背景多的特點為客戶提供優質的服務。云序積累了超過10000例環狀RNA測序的經驗,樣本覆蓋20多個物種以及50多種疾病。云序生物提供系統性環狀RNA服務,從篩選circRNA測序到驗證(qPCR)再到機制研究(RIPRNA pull-downChIP)以及上游表觀調控(m6A甲基化等各類RNA修飾研究),全方位覆蓋環狀RNA上下游分子機制驗證的重要研究環節。除了提供組織和細胞的樣本類型測序之外,我們還提供體液、血清血漿、外泌體石蠟樣本等特殊樣本的測序服務。
           
          云序環狀RNA課題技術服務四大模塊

          一、 環狀RNA篩選:
          1.1 circRNA測序
          1.2 全轉錄組測序(同時檢測circRNAlncRNAmRNA)

          二、環狀RNA驗證
          2.1 qRT-PCR
          對選定目標RNA分子可進行qPCR檢測服務,包括引物設計與表達鑒定。
          2.2 Sanger測序與RNase R酶耐受實驗
          對選定的環狀RNA分子進行反式剪切位點引物設計,擴增后Sanger測序驗證環狀;使用RNase R酶處理環狀RNA分子,驗證環狀RNA分子穩定性。
           
          三、 CircRNA功能機制研究
          3.1 RIP測序/RIP-qPCR
          針對目標蛋白抗體把蛋白-RNA復合物沉淀下來,并對復合物上的RNA進行測序或對目標RNA進行qRCR表達分析。
          3.2 RNA pull-down+MS/WB/qPCR/RNA-Seq
          設計目標RNA生物探針把相應的結合蛋白質與RNA復合物沉淀下來,蛋白質譜檢測或WB檢測與RNA結合的蛋白。設計目標RNA生物探針把相應的結合蛋白質與RNA復合物沉淀下來,qPCR檢測或RNA-seq檢測與RNA結合的RNA
          3.3 雙熒光素酶報告實驗
          雙熒光素酶報告實驗檢測兩個基因之間的互作。
          3.4 chip 測序/chip-PCR
          檢測轉錄因子或者組蛋白與下游基因的結合情況。
           
          四、CircRNA修飾研究
          4.1 m6A/m5C/ac4C/m7G/m1A等修飾
          針對環狀RNA各類修飾進行高通量篩選。
          4.2 MeRIP-circRNA-PCR驗證
          對高通量測序的結果,通過qPCR進行進一步驗證。

           云序客戶部分環狀RNA相關文章

          環狀RNA部分文章列表.jpg


          往期環狀RNA主題回顧

          云序用戶文章|胃癌 circRNA海綿機制榮登15分雜志
          2020年度circRNA研究盤點
          云序6篇項目文章思路助你環狀RNA文章發到手軟
          2020年環狀RNA高分文章怎么發?
          Cell Research新玩法:m6A+circRNA玩轉17分文章
          全轉錄組測序一箭三雕怎么玩?
          環狀RNAceRNA機制還能發10分以上文章嗎?
          做了環狀RNA,還愁5分文章不好發?丨云序客戶最新環狀RNA成果揭秘
          circRNA再發IF=18.88高分文章--您想知道的circRNA機制研究,都在這兒
          云序客戶發表首篇直腸癌轉移肝癌環狀RNA文章,影響因子高達7.8!
          云序手把手教您如何應用RIPRNA pull down技術——研究RNA分子互作機制沖擊高分文章
          XE58Ea3gQdzjeZ5FpKjl1Yg+oI4b0q944OBNIdkpjVTR0OiWov4aH3DzZDdD2sRx/CR2CMETcUJ79HQ43ssHJInHpy50xr7ZtGN3jB6XXgp6PlniAOJJtLaj44D0KNpwV80Dlj9+3Wk= 色情最新电影免费观看的网站,最新国自产拍天天更新,97大香伊蕉国产,红色一片一片的视频,亚洲国产精品无码中文字