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          時間不夠?云序m6A甲基化測序技術助力用戶3-5個月發表5分文章!
          日期:2022年03月31日    來源:公眾號-云序生物課堂
          導  讀
          有關m6A修飾的研究在生物領域仍然持續火熱,近年來,國自然立項和文章發表數目保持指數增長,2021年pubmed收錄文章已經高達1556篇。云序生物在m6A修飾領域具有豐富的經驗,最近云序客戶又連發5篇4-6分m6A 甲基化測序研究文章。下面小編就帶大家來看一看這幾篇新發文章的研究思路,一起來解密如何能夠在短時間內就能發表5分左右的文章!5篇文章當中涉及到的m6A-MeRIP-seqRNA-seqMeRIP-PCRm6A整體甲基化水平檢測(LC-MS/MS)等實驗由云序生物參與一站式服務完成。

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          結直腸癌mRNA m6A表達譜

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          發表雜志:Frontiers in Cell and Developmental Biology

          影響因子:6.684
          實驗手段m6A-MeRIP-seqRNA-seq(云序生物提供)
          實驗樣本設計:結直腸癌組織 vs 癌旁(5 vs 5)
          發表時間:2022年1月7日
          文章鏈接Comprehensive Analysis of Differentially Expressed Profiles of mRNA N6-Methyladenosine in Colorectal Cancer

          文章摘要:為了全面分析人類結直腸癌(m6A)修飾在人類結直腸癌(CRC)中的作用,作者采用m6A-MeRIP-seq,比較CRC組織與鄰近正常對照(NC)組織之間mRNA m6A甲基化的差異,發現50.13%的修飾基因在結直腸癌中表現出獨特的m6A修飾峰。采用RNA-seq來檢測轉錄差異表達的mRNA,對m6A-MeRIP-seqRNA-seq數據進行聯合分析,發現了400個差異m6A甲基化和表達基因,通路分析檢測到與癌癥密切相關。通過GEPIA數據庫分析,作者發現B3GNT6、DKC1、SRPK1和RIMKLB的表達與預后相關,而B3GNT6和RIMKLB的表達與臨床分期相關。鑒定出17個rbp,其中FXR1、FXR2、FMR1、IGF2BP2、IGF2BP3和SRSF1在CRC中明顯高表達,FMR1、IGF2BP2和IGF2BP3與甲基化密切相關,可能參與了CRC的發生發展。

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          二、mRNA m6A調控腎細胞癌基因表達

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          發表雜志:Frontiers in Genetics

          影響因子4.599
          實驗手段m6A-MeRIP-seqRNA-seqMeRIP-qPCR云序生物提供
          實驗樣本設計原發性腎細胞癌 vs 癌旁(5 vs 5)
          發表時間2022年1月21日
          文章鏈接m6A-mRNA Methylation Regulates Gene Expression and Programmable m6A Modification of Cellular RNAs With CRISPR-Cas13b in Renal Cell Carcinoma

          文章摘要n6-甲基腺苷(m6A)是最廣泛的RNA修飾,但其在腎細胞癌(RCC)的發展和進展中的作用仍不清楚。在該研究中,作者通過m6A-MeRIP-seqRNA-seq獲得了腎細胞癌和配對的相鄰瘤周組織中轉錄組范圍的m6A譜和基因表達模式。GO分析顯示,編碼基因具有差異的m6A位點,并在腎臟發育和癌癥相關信號通路中富集,并且不同水平的m6A修飾可以調控基因的表達。在組織中通過MeRIP-qPCR驗證m6A的修飾,并在RCC細胞系中使用基于CRISPR-Cas13b的工具驗證靶向甲基化或去甲基化。該研究結果為研究RNAm6A修飾和m6A介導的基因表達調控在人腎細胞癌中的潛在功能提供了證據。

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          三、食管胃結腺癌中mRNA的m6A甲基化分析

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          發表雜志:Frontiers in Genetics

          影響因子4.599
          實驗手段m6A-MeRIP-seqRNA-seqMeRIP-qPCR云序生物提供
          實驗樣本設計食管胃結腺癌 vs 癌旁(4 vs 4)
          發表時間2022年1月24日
          文章鏈接Analysis of N6-Methyladenosine Methylome in Adenocarcinoma of Esophagogastric Junction

          文章摘要m6A甲基化是最常見的一種RNA修飾。近年來,國內外食管胃交界處腺癌(AEG)的發病率上升速度均快于其他部位的胃癌。因此,作者將這二者結合,采用m6A-MeRIP-seqRNA-seq相結合,通過生物信息學手段系統地分析了腺癌在食管胃交界處的mRNA的m6A修飾模式。作者發現AEG中獨特的m6A相關基因與癌癥相關通路有關。在差異表達的mRNA轉錄本中,AEG中有高甲基化或低甲基化的m6A峰。該研究初步構建了第一個人類AEG的m6a全轉錄組圖譜。這在揭示m6A介導的基因表達調控機制方面具有指導作用。

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          四、METTL3促進骨肉瘤細胞轉移

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          發表雜志Journal of Bone Oncology

          影響因子4.072
          實驗手段:m6A-MeRIP-seqRNA-seqLC-MS/MS,MeRIP-qPCR云序生物提供
          實驗樣本設計:下調METTL3的轉移性骨肉瘤細胞 vs 對照(3 vs 3)
          發表時間:2022年1月19日
          文章鏈接:m6A-dependent upregulation of TRAF6 by METTL3 is associated with metastatic osteosarcoma

          文章摘要:RNA m6A與腫瘤的發生有關。甲基轉移酶樣3(METTL3)在癌癥進展和轉移中的重要性已被報道。然而,其在最常見的原發性骨肉瘤(OS)中的作用和分子機制研究較少。作者發現METTL3在轉移性OS組織中過表達,而METTL3的下調降低了細胞的遷移、侵襲、上皮-間充質轉化以及致瘤和轉移活性。在細胞中人工下調METTL3,采用RNA-seqm6A-MeRIP-seq方法鑒定METTL3的下游基因,發現在轉移性OS中,METTL3與TRAF6呈正相關,而METTL3的缺失會導致OS細胞中TRAF6的表達缺失,TRAF6的上調能夠促進OS轉移。

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          五、在重癥急性胰腺炎小鼠模型中的circRNA m6A圖譜

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          發表雜志:World Journal of Gastroenterology

          影響因子:5.742
          實驗手段:m6A-MeRIP-seqRNA-seq云序生物提供
          實驗樣本設計:重癥胰腺炎小鼠 vs 健康小鼠(3 vs 3)
          發表時間:2021年11月21日
          文章鏈接:Genome-wide map of N6-methyladenosine circular RNAs identified in mice model of severe acute pancreatitis

          文章摘要:重癥急性胰腺炎(SAP)是一種致命的炎癥性疾病,發病機制復雜,缺乏有效的治療選擇。環狀RNA的n6-甲基腺苷(m6a)修飾在其生理和病理過程中起著重要作用。然而,m6A環狀RNA在SAP病理過程中的作用尚不清楚。作者采用m6A-MeRIP-seq鑒定m6A環狀RNA圖譜,通過GO分析和KEGG分析結果顯示有一些重要的通路參與了SAP的發病機制,如調節自噬和蛋白質消化等。通過構建m6A circRNA-microRNA網絡,發現一些參與SAP發生和發展的重要miRNAs與這些m6A環狀RNA結合,如miR-24-3p、miR-26a、miR-92b、miR-216b、miR-324-5p和miR-762。并且發現在SAP中,環狀RNA的總m6A水平降低,而ALKBH55水平上調,這表明ALKBH5可能與SAP中m6A的動態過程有關。

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          思 路 總 結

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          綜上所述,巧妙利用m6A-MeRIP-seqRNA-seq(云序生物提供)聯合分析技術手段,探究疾病組織或細胞中的m6A修飾分布情況,以及m6A對轉錄組表達調控的影響。
          通過這種優質的策略,客戶只需要準備好樣本,測序后得到的數據,僅需要進行簡單的驗證,就可以高效探討RNA的m6A甲基化修飾,基本3-6個月一篇甲基化表達譜的文章就成型,且多組學聯合分析,文章內容豐富,是甲基化譜學研究的一大利器!

          云序生物m6A修飾研究五大模塊

          01 m6A RNA修飾測序
          m6A RNA修飾測序(m6A-MeRIP-seq)
          對m6A RNA甲基化,目前最流行的檢測手段為m6A-Seq技術,適用于m6A RNA甲基化譜研究,快速篩選m6A RNA甲基化靶基因。云序可提供mRNA和多種非編碼RNA的m6A測序:
          • m6A 全轉錄組測序(涵蓋mRNA,LncRNA,circRNA)
          • m6A LncRNA測序(涵蓋LncRNA和mRNA)
          • m6A Pri-miRNA測序(涵蓋Pri-miRNA和mRNA)
          • m6A  mRNA測序
          • m6A miRNA測序

          02 檢測整體m6A RNA修飾水平

          LC-MS/MS檢測整體RNA修飾水平
          精準高效,可以實現一次檢測,9類修飾水平檢測,一步到位。
          比色法檢測整體RNA修飾水平
          快速檢測m6A整體甲基化水平
          03 m6A RNA修飾上游酶的篩選
          m6A RNA修飾相關酶PCR芯片
          尋找上游直接調控m6A RNA甲基化的甲基轉移酶。
          04 m6A RNA修飾靶基因驗證
          MeRIP-qPCR
          云序提供各類不同修飾的meRIP-qPCR服務,可針對mRNA,lncRNA,環狀RNA等不同類型的RNA分子進行檢測,低通量驗證RNA修飾靶基因表達水平。
          05機制互作研究
          RIP-seq/qPCR
          篩選或驗證RNA修飾直接靶點,研究RNA修飾靶基因的調控機制。
          RNA pull down -MS/WB
          篩選或驗證目標RNA互作基因或蛋白,研究相應的分子調控機制。
          雙熒光素酶實驗
          驗證兩基因互作,研究相應的分子調控機制。
          ChIP-seq
          篩選或驗證目標蛋白與DNA互作,研究相應的分子調控機制。

          --  云序生物服務優勢  --
          優勢一:發表10分以上文章最多的m6A RNA甲基化測序服務平臺。云序已累計支持客戶發表71篇高水平RNA修飾文章,合計影響因子570分+,是國內支持發文最多、累計影響因子最高的公司。
          優勢二:至今完成4000+例 m6A測序樣本,全面覆蓋醫口、農口等各類樣本。
          優勢三:全面檢測mRNA和各類非編碼RNA(circRNA,lncRNA,Pri-miRNA等)。
          優勢四:獨家提供m6A一站式服務:m6A整體水平檢測m6A測序MeRIP-qPCR驗證RIPRNA pull-down等。
          優勢五:率先研發微量MeRIP測序技術,RNA量低至500ng起。
          優勢六:國內最全的RNA修飾測序平臺,提供m6A、m5C、m1A、m7G、m3C、m6Am、O8G、ac4C乙酰化和2'-O-甲基化測序。

          云序客戶RNA修飾部分文章列表


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