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          環狀RNA研究
          m5C環狀RNA測序
          日期:2018年06月08日    來源:

          技術簡介
          m5C RNA是近年來發現的一類在tRNA及rRNA高豐度存在的甲基化修飾。利用高通量測序手段驗證了非編碼RNA以及部分mRNA中m5C存在,但是在不同物種、不同組織中m5C修飾分布圖譜尚沒有系統性報道。云序生物率先開展m5C RNA甲基化測序服務,采用經典重亞硫 酸鹽處理的方式進行測序。在全轉錄范圍內及tRNA水平查看基因m5C甲基化修飾水平。

          (m5C)RNA甲基化測序流程

           云序生物(m5C)RNA甲基化測序流程

          云序生物RNA甲基化測序產品

          RNA甲基化測序產品

          云序優勢

          一站式服務:
          客戶只需提供組織、細胞、體液樣品或RNA,云序生物為您完成m5C RNA-Seq全套實驗服務。
          嚴格的質控:
          云序生物對m5C RNA-Seq實驗每一步驟均設有關鍵質控,保證客戶得到優 質數據。
          專業的生物信息學分析:
          云序生物擁有專業的生物信息分析團隊,幫助客戶進行實驗數據的全 面挖掘。

          樣本要求
          樣品類型:
          細胞、新鮮組織或RNA樣品。其它類型樣品請詳詢。
          樣品量:

          a) 細胞:2×107 

          b) 組織:100 mg-1 g

          c) RNA:30-300 μg(OD260/280:1.6-2.3;RNA無明顯降解28S:18S>1.5或RIN>7)

          樣品運輸與保存
          樣品運輸:樣品置于1.5mL離心管中,封口膜封好,干冰運輸。
          樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理,液氮凍存后-80℃保存;RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,避免反復凍融。


          數據分析(下列有※表示個性化分析)
          1、識別RNA甲基化位點
          通過高通量測序和生物信息分析,識別甲基化富集的基因組區域。


          識別RNA甲基化位點


          2、RNA甲基化位點的注釋
          富集峰識別后,得到的是一堆基因組位置信息,通過生物信息分析利用鄰近基因對富集峰進行注釋,并根據峰中點相對于已知基因的位置,將富集峰為啟動子峰、上游峰、內含子峰、外顯子峰、基因間峰。

          RNA甲基化位點的注釋


          3、RNA甲基化位點在基因組中的分布

          根據注釋信息,繪制富集峰在不同基因組特征上的比例圖。

          RNA甲基化位點在基因組中的分布        RNA甲基化位點在基因組中的分布



          4、RNA甲基化位點Motif分析
          RNA上甲基化的位點,可能包含某種序列motif。RNA甲基化酶可能正是通過識別這些 motif 特異性進行甲基化修飾,從而完成轉錄后調控功能。我們成功識別了全基因組的RNA上的甲基化位點后,獲取序列就能使用生物信息學的手段來搜索這些 motif,從而揭示 RNA甲基化修飾的機制。

          RNA甲基化位點Motif分析


          5、差異RNA甲基化位點的識別與注釋
          云序生物使用meRanCompare軟件識別兩個/組樣品間的差異甲基化位點,以FDR<0.01作為閾值,具體的以測序報告為準。 識別樣本間的差異甲基化區,發現與特定表型或疾病相關的甲基化區域。

          差異RNA甲基化位點的識別與注釋


          6、差異RNA甲基化位點的GO與信號通路分析
          對差異甲基化基因進行功能分類,并發現明顯富集的功能條目。

          差異RNA甲基化位點的GO與信號通路分析差異RNA甲基化位點的GO與信號通路分析
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