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          環狀RNA研究
          ac4c 環狀RNA測序
          日期:2019年07月15日    來源:云序生物
          技術簡介
          ac4C RNA乙酰化是在RNA ac4C修飾酶的作用下,使N4位乙酰胞嘧啶發生乙酰化的一種保守的化學修飾(N4-acetylcytidine)。早期研究發現該修飾存在于真核生物中絲氨酸及亮氨酸tRNA和18S rRNA上,導致Watson-Crick堿基熱穩定性增加,調控蛋白合成中的編碼準確性;近期研究發現ac4C分布在人類轉錄組中,大多數位點出現在編碼序列(CDS)內,并且通過改善的mRNA穩定性和翻譯促進靶基因表達。目前,ac4C RNA乙酰化修飾作為一類新型RNA修飾,是繼m6A修飾之后的又一表觀轉錄組學熱點和“超級潛力股”!
          云序生物對ac4C RNA乙酰化檢測手段為acRIP-Seq技術,技術原理如下: 將乙酰化RNA特異性抗體與被隨機打斷的RNA片段進行共孵育,抓取有乙酰化修飾的片段進行測序;同時需要平行測序一個對照(Input)樣本,對照樣本只含有打斷的RNA片段,并不添加RNA乙酰化特異性抗體與其共孵育。對照樣本用于消除非特異性抓取的乙酰化片段的背景。對比免疫共沉淀(IP)樣本和對照樣本(Input)中的序列片段,將RNA乙酰化修飾位點定位到轉錄組上,并根據RNA-seq數據,計算樣本中RNA乙酰化程度及對RNA表達水平的影響。

          云序優勢
          一站式服務
          客戶只需提供組織、細胞、體液樣品或RNA,云序生物為您完成從ac4C RNA富集,文庫制備,上機測序到數據分析整套服務流程。
          抗體富集效率高

          acRIP-seq的富集效率是決定數據質量的關鍵,云序生物acRIP-seq實驗采用預驗證的商業化抗體和精心優化的實驗流程,具有極高的效率和特異性。

          分子全覆蓋
          可全 面檢測mRNA、circRNA、LncRNA、pri-miRNA、rRNA、tRNA等多類RNA分子ac4C乙酰化位點。

          嚴格的質控
          云序生物對acRIP-seq實驗每一步驟均設有關鍵質控,全程監控實驗質量,保證客戶得到優 質數據。
          專業的生物信息學分析
          云序生物擁有專業的生物信息分析團隊,幫助客戶進行實驗數據的全 面挖掘。
          RNA乙酰化測序與轉錄組聯合應用

          可整合RNA乙酰化數據和轉錄組數據進行生物信息學關聯分析,揭示RNA乙酰化對基因表達調控的影響,深入挖掘RNA乙酰化的功能。 

          案例解析
          案例:mRNA中胞嘧啶核苷乙酰化促進其翻譯效率
          原文:Acetylation of Cytidine in mRNA Promotes Translation Efficiency 
          期刊:Cell      影響因子:36.22 
          美國ai癥研究所(NCI)和弗雷德里克實驗室,發現下調NAT10(RNA乙酰化酶)能夠抑 制Hela細胞的行為;并且ac4C是由NTA10催化的mRNA修飾,下調NAT10后,ac4C的總體水平下降;為了進一步探究ac4C的功能,作者對WT和下調NAT10的Hela細胞進行acRIP-seq和mRNA測序,發現ac4C 的peak主要富集在mRNA的CDS區,同時下調NAT10能夠降低ac4C在mRNA中的定點表達,并與靶mRNA的下調有很大關系;作者又進一步發現ac4C乙酰化修飾能夠通過延長mRNA的半衰期并促進mRNA的穩定性,同時也能夠通過ac4C peak中的密碼子偏好性表達,決定并影響mRNA的解碼效率,促進底物翻譯。這些發現不僅擴大了mRNA修飾范圍(包括乙酰化殘基),也確立了ac4C在mRNA翻譯調控中的作用。
          ac4C的結構及Ac4C peak在mRNA中的特征分布情況

          圖注:ac4C的結構及Ac4C peak在mRNA中的特征分布情況


          ac4C延長mRNA的半衰期,提高其穩定性

          圖注:ac4C延長mRNA的半衰期,提高其穩定性


          ac4C促進mRNA的翻譯效率
          圖注:ac4C促進mRNA的翻譯效率

          樣品要求
          樣品類型
          細胞、組織或RNA,其他樣本類型請電詢。
          樣品量
          a)細胞:≥2×107
          b)組織:500mg - 1g
          c)  RNA:30μg - 300μg 
          d) 超微量滿足500ng - 30μg

          樣品運輸與保存
          樣品運輸:樣品置于1.5mL離心管中,封口膜封好,干冰運輸。
          樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理,液氮凍存后-80℃保存;RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,避免反復凍融。


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