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          eccDNA(環狀DNA)測序
          血清血漿環狀DNA測序

          產品詳情
          在線詢價

          環狀DNA簡介
          游離于染色體基因組之外的DNA (extrachromosomal DNA,ecDNA)被發現常常以環狀的形式存在,這種形式的DNA被稱為環狀DNA (extrachromosomal circular DNA,eccDNA)。目前也習慣將巨大的環狀DNA(>1Mb)稱為ecDNA, 而將相對較小的環狀DNA稱為eccDNA。
          傳統觀點認為真核基因組通常形成穩定的線性染色體。但最新的研究表明:無論是在正常體細胞還是癌細胞中,都存在大量染色體外環狀DNA。近日,Nature雜志上發表了顛覆性研究成果:在腫瘤中,主要的癌基因轉錄本是直接來自于環狀DNA的,而環狀DNA的染色質是高度開放的,環狀DNA的癌基因能夠大量表達,同時缺乏絲粒,導致不遵照孟德爾定律進行遺傳,這種特性使得環狀DNA是驅動腫瘤異質性的重要機制。由此可見,由于其結構和表達的特異性,環狀DNA可以影響細胞生命活動,促進腫瘤細胞演進和適應性進化,增加了基因組的可塑性和不穩定性。目前,環狀DNA不僅僅可以作為一種新型特異的腫瘤標志物,還在腫瘤發生發展機理研究中發揮著重大的潛在價值。可以預見的是,環狀DNA將迅速成為新的科研熱點,甚至會對傳統遺傳學和基因組學帶來革命性影響。


          環狀DNA形成的機理

          目前研究表明,環狀DNA是從染色體上斷裂、環化或者額外復制產生的序列,其剪切加工機理主要提出有兩種可能:(1)通過染色體異位同源重組環化(intrachromatid ectopic homologous recombination,HR);(2)通過非同源染色體末端連接環化(nonhomologous end-joining,NHEJ)。環狀DNA形成是一個復雜的過程,更多環化方式有待探索。
          環狀DNA 形成模型示意圖
          環狀DNA 形成模型示意圖

          技術簡介
          針對血清血漿微量樣品,云序生物參考盧煜明教授團隊開發的方法,酶切去除線性DNA后,利用Tn5轉座酶,打開環狀DNA環狀結構并同時在DNA片段兩端加上接頭,進行建庫及測序。Tn5轉座酶法效率高,損耗低,實現血液循環系統中微量的環狀DNA的檢測。并且本產品能保留環狀DNA的原始表達量,使得不同環狀DNA間的表達量的比較更為準確。并通過嚴謹的環狀DNA生信流程,實現了對環狀DNA準確的識別和詳細的基因注釋。
          云序生物血清血漿環狀DNA測序流程示意圖
          云序生物血清血漿環狀DNA測序流程示意圖


          云序優勢

          適用于血清血漿等微量樣品:
          此法減少DNA損失,并保留原始表達量,不同環狀DNA間表達量比較更準確
          專業的生物信息學分析:
          專業的生物信息學團隊,開發了高效識別分析環狀DNA的算法,滿足客戶的各類深入數據分析需求。
          一站式服務:
          客戶只需提供血清血漿,云序生物為您完成從樣品準備、環狀DNA富集、文庫制備、上機測序到數據分析整套服務流程。

          樣本要求
          樣品類型:
          血清血漿。
          樣品量:
          血清血漿:5mL
          樣品運輸及保存:
          EDTA抗凝,樣品干冰運輸。勿用肝素管取樣(綠色蓋子抗凝管)。


          數據分析(下列有 * 表示個性化分析)

          1.環狀DNA注釋表格
          測序后首先可以得到一個詳盡的環狀DNA注釋表格,列出每個樣品中檢測到的每個環狀DNA所在的染色體、坐標,長度,表達豐度,相關基因注釋, GO注釋,Pathway注釋等。
          1.環狀DNA注釋表格

          2.長度分布
          對整體或單獨樣本中的環狀DNA的長度進行統計和展示。
          2.長度分布

          3.組間共有和特有環狀DNA*
          對不同分組中共有和特有的環狀DNA個數的統計和展示。
          3.組間共有和特有環狀DNA*

          4.環狀DNA差異表
          不同的樣品分組間可以進行環狀DNA豐度的差異比較,通過差異倍數、p值、關聯基因篩選關鍵的環狀DNA。
          4.環狀DNA差異表

          5.差異環狀DNA聚類圖、散點圖、火山圖
          展示不同樣品分組間環狀DNA的豐度差異。
          5.差異環狀DNA聚類圖、散點圖、火山圖

          6.差異環狀DNA所屬基因的功能分析
          對環狀DNA或差異環狀DNA所屬基因進行GO功能和KEGG通路富集分析。
          6.差異環狀DNA所屬基因的功能分析


          7.染色體分布*

          對整體或單獨樣本中的環狀DNA在各染色體上的數量、密度進行統計和展示。

            7.染色體分布*

          7.染色體分布*




          8.環狀DNA在基因組的分布*
          環狀DNA在不同基因區域、重復序列元件區域分布。

          8.環狀DNA在基因組的分布*

          8.環狀DNA在基因組的分布*


          9.聯合轉錄組關聯分析*
          如果聯合全轉錄組測序,可以將環狀DNA與mRNA進行聯合分析尋找相關性。
          9.聯合轉錄組關聯分析*

          案例解析
          案例1:母體血漿中染色體外環狀DNA的鑒定與特性分析
          原文:Identification and characterization of extrachromosomal circular DNA in maternal plasm 
          期刊:Proc Natl Acad Sci 影響因子:11.201
          作者觀察到在孕婦的血漿中存在染色體外環狀DNA (環狀DNA),并通過限制性內切酶和Tn5轉座酶處理后的改良的測序方法,在孕婦的血漿中鑒定出了環狀DNA分子。他們發現血漿的環狀DNA分子比線性的長,在這些環狀DNA分子中,胎兒來源的環狀DNA短于母體來源的環狀DNA。此外,環狀DNA的閉合圓形結構可能允許抗外切酶,因此這些分子比它們的線性對應物具有更高的穩定性。這些特性為環狀DNA的研究和生物標志物的開發提供了機會。
          圖1. 對5例妊娠患者的血漿標本進行環狀DNA分析
          圖1. 對5例妊娠患者的血漿標本進行環狀DNA分析

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