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          首頁 > 技術平臺 > m5C RNA甲基化測序

          m5C RNA甲基化測序
          m5C全轉錄組測序

          產品詳情
          在線詢價

          技術簡介
          m5C RNA是近年來發現的一類在tRNA及rRNA高豐度存在的甲基化修飾。利用高通量測序手段驗證了非編碼RNA以及部分mRNA中m5C存在,但是在不同物種、不同組織中m5C修飾分布圖譜尚沒有系統性報道。云序生物率先開展m5C RNA甲基化測序服務,采用經典重亞硫 酸鹽處理的方式進行測序。在全轉錄范圍內及tRNA水平查看基因m5C甲基化修飾水平。

          云序生物(m5C)RNA甲基化測序流程

           云序生物(m5C)RNA甲基化測序流程


          云序生物RNA甲基化測序產品

          云序生物RNA甲基化測序產品

          云序優勢

          一站式服務:
          客戶只需提供組織、細胞、體液樣品或RNA,云序生物為您完成m5C RNA-Seq全套實驗服務。
          嚴格的質控:
          云序生物對m5C RNA-Seq實驗每一步驟均設有關鍵質控,保證客戶得到高質量質數據。
          專業的生物信息學分析:
          云序生物擁有專業的生物信息分析團隊,幫助客戶進行實驗數據的挖掘。

          樣本要求
          樣品類型:
          細胞、新鮮組織或RNA樣品。其它類型樣品請詳詢。
          樣品量:

          a) 細胞:2×107 

          b) 組織:100 mg-1 g

          c) RNA:30-300 μg(OD260/280:1.6-2.3;RNA無明顯降解28S:18S>1.5或RIN>7)


          樣品運輸與保存
          樣品運輸:樣品置于1.5mL離心管中,封口膜封好,干冰運輸。
          樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理,液氮凍存后-80℃保存;RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,避免反復凍融。


          數據分析(下列有※表示個性化分析)
          1、識別RNA甲基化位點
          通過高通量測序和生物信息分析,識別甲基化富集的基因組區域。

          識別RNA甲基化位點


          2、RNA甲基化位點的注釋
          富集峰識別后,得到的是一堆基因組位置信息,通過生物信息分析利用鄰近基因對富集峰進行注釋,并根據峰中點相對于已知基因的位置,將富集峰為啟動子峰、上游峰、內含子峰、外顯子峰、基因間峰。

          RNA甲基化位點的注釋


          3、RNA甲基化位點在基因組中的分布
          根據注釋信息,繪制富集峰在不同基因組特征上的比例圖。

              RNA甲基化位點在基因組中的分布          RNA甲基化位點在基因組中的分布


          4、RNA甲基化位點Motif分析
          RNA上甲基化的位點,可能包含某種序列motif。RNA甲基化酶可能正是通過識別這些 motif 特異性進行甲基化修飾,從而完成轉錄后調控功能。我們成功識別了全基因組的RNA上的甲基化位點后,獲取序列就能使用生物信息學的手段來搜索這些 motif,從而揭示 RNA甲基化修飾的機制。

          RNA甲基化位點Motif分析


          5、差異RNA甲基化位點的識別與注釋
          云序生物使用meRanCompare軟件識別兩個/組樣品間的差異甲基化位點,以FDR<0.01作為閾值,具體的以測序報告為準。 識別樣本間的差異甲基化區,發現與特定表型或疾病相關的甲基化區域。

          差異RNA甲基化位點的識別與注釋


          6、差異RNA甲基化位點的GO與信號通路分析
          對差異甲基化基因進行功能分類,并發現明顯富集的功能條目。

          差異RNA甲基化位點的GO與信號通路分析差異RNA甲基化位點的GO與信號通路分析

          案例解析
          案例1:m5C RNA甲基化調控mRNA出核新機制

          原文:5-methylcytosine promotes mRNA export — NSUN2 as the methyltransferase and ALYREF as an m5C reader

          期刊:Cell Research 影響因子:15.60

          中科院汪海林等研究團隊揭示了m5C修飾在mRNA的分布圖譜規律及其對調控mRNA出核作用新機制。研究人員建立了改進的RNA m5C單堿基分辨率高通量測序與生物信息分析技術,以此揭示mRNA m5C的分布規律,并繪制了精細的m5C修飾圖譜,發現m5C在mRNA的翻譯起始位點下游有明顯富集,并且主要分布于CG富集區域。通過分析對比人和小鼠不同組織,發現m5C在mRNA上的分布特征在哺乳動物中十分保守,而在不同組織中修飾的基因具有特異性。研究團隊同時發現,在小鼠睪丸發育過程中,動態的m5C修飾基因明顯富集于精子發育相關功能,提示m5C修飾參與生殖發育調控。


          mRNA中m5C的分布規律及組織特異性表達

          圖1. mRNA中m5C的分布規律及組織特異性表達


          案例2: m5C RNA甲基化基因組分布圖譜

          原文:Distinct 5-methylcytosine profiles in poly(A) RNA from mouse embryonic stem cells and brain 

          期刊:Genome Biology 影響因子:13.21

          近期刊登了解析RNA m5C在不同組織細胞的分布圖譜相關文章。研究人員選取小鼠胚胎干細胞(ESC)和腦組織(n=3)作為實驗樣本,利用m5C RNA甲基化測序技術對兩組樣本中的總RNA和胞核RNA進行檢測。結果表明,ESC中總RNA 5mC的分布頻率比腦組織的分布頻率更高。研究人員將m5C位點和不同的基因組區域(CDS, 5’-UTR, 3’-UTR等)進行了關聯分析。結果表明,總RNA中m5C位點更傾向于分布在轉錄起始位點。腦組織和ESC中,3’-UTR區m5C的分布區別很大,這暗示著3’-UTR區的RNA m5C修飾可能與細胞功能和細胞類型密切相關。


          m5C的基因組位置分布

          圖2. m5C的基因組位置分布


          案例3:擬南芥m5C RNA甲基化譜及TRM4B酶對根的影響

          原文:Transcriptome-Wide Mapping of RNA 5-Methylcytosine in Arabidopsis mRNAs and Noncoding RNAs

          期刊:The Plant Cell 影響因子:8.23

          與上篇不同,本研究團隊采用m5C RNA甲基化測序研究擬南芥中m5C甲基化譜,在種子,幼芽,根中發現了1000多個特異性的位點。敲低RNA m5C甲基轉移酶TRM4B,造成tRNA穩定性的降低。研究人員還證實TRM4B突變體的初級根比野生型更短,同時對氧化的應激反應更敏感。


          擬南芥種子,幼芽,根中m5C位點

          圖3. 擬南芥種子,幼芽,根中m5C位點


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