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          轉錄組測序
          tiRNA&tRFs測序

          產品詳情
          在線詢價

          技術簡介
          tiRNA和tRF是近期發現的一類來源于tRNA的新型小RNA,長度在16-50 nt。tiRNA是來源于成熟tRNA的半分子,血管生成素會在壓力應激下介導tRNA切割成5’-和3’-tRNA半分子,長度約30-35nt。tRFs是來源于成熟tRNA或前體tRNA的小片段,根據其在tRNA上對應的位置可進一步分為tRF-5,tRF-3, tRF-1和i-tRF等,長度約為15-30nt。據報道,tiRNA和tRF可以microRNA的方式參與RNA干擾,另外可結合諸如YBX1蛋白因子調控靶mRNA的穩定性。tiRNA和tRF不僅可作為疾病診斷的生物標志物,還具有治 療潛能。云序生物tiRNA測序采用獨有的﹑全 面的tiRNA和tRF數據庫進行分析。
          云序優勢

          超高性價比: 

          一舉兩得,同時檢測和分析tiRNA和tRF。

          全面檢測: 

          權威的tiRNA和tRF數據庫,提供全 面的tiRNA和tRF表達譜分析。 

          高檢測效率: 

          性能優化的測序方法與嚴格的質控過程,高檢測效率。

          一站式服務: 

          客戶只需提供細胞、組織、體液或總RNA,云序生物為您完成從樣品準備、文庫制備、上機測序到數據分析的整套服務流程。

          專業的生物信息學分析: 

          云序生物具有強大的生物信息學團隊,能夠滿足客戶的各類深入數據分析要求。 

          樣本要求 

          樣品類型: 

          組織、細胞、體液或RNA樣品。其它類型樣品請詳詢。 

          樣品量: 

          a)細胞:2×106 

          b)組織:50 mg 

          c) 體液:全血、血清、血漿2-3 ml 

          尿液:50 ml 

          腦脊液:5 ml 

          d)總RNA:2 μg (OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5;無明顯降解,電泳檢測樣品特征性條帶完整清晰,無明顯彌散或拖尾 28S:18S≥1.5或者RIN≥7) 

          樣品運輸及保存: 

          樣品運輸:樣品置于1.5mL管中,封口膜封好,干冰運輸。 

          樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊,可用TRIZOL或RNA保護劑處理,液氮凍存后,-80℃保存,RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,樣品保存期間避免反復凍融。

          數據分析

          1、tRF散點圖


          tRF散點圖


          2、tRF聚類分析


          tRF聚類分析


          3、5’-tRNA片段富集分析


          5’-tRNA片段富集分析


          4、Venn圖


          Venn圖


          5、可視化


          可視化


          案例解析
          案例1:tRF抑 制乳腺ai轉移

          原文:Endogenous tRNA-derived fragments suppress breast cancer progression via YBX1 displacement

          期刊:Cell 影響因子:31.29

          本研究通過小RNA測序發現低轉移性乳腺ai細胞系MDA中Glu/Asp/Gly/Tyr的tRNAs在缺氧條件下可生成一系列的tRFs表達增加,這些tRFs可與致ai基因的3’UTR競爭性結合YBX1蛋白,從而降低多個乳腺ai致ai轉錄本的穩定性。這種轉錄后的沉默模式具序列特異性,這些片段有共同序列區域與YBX1識別序列相結合。通過功能性實驗驗證tRFs可抑 制乳腺ai細胞的增殖和侵襲。YBX1本身的功能是使致ai轉錄本的穩定性增加,ai癥基因蛋白表達水平增強。這種tRFs產生的競爭性置換抑 制致ai基因轉錄本的穩定性和表達,也就抑 制了ai癥轉移。


           小RNA測序發現低氧誘導乳腺癌細胞系MDA中tRFs含量增加,且共同序列明顯富集,例如tRNA Glu明顯上調


          圖1. 小RNA測序發現低氧誘導乳腺ai細胞系MDA中tRFs含量增加,且共同序列明顯富集,例如tRNA Glu明顯上調


          RNA pull down驗證tRFs與YBX1結合


          圖2. RNA pull down驗證tRFs與YBX1結合

          XQwVNfy4RgOnH0aYF7Xs7Ig+oI4b0q944OBNIdkpjVT7D8ghd+yyQ6fxVxP39LCta0uO88v4MbyXJLEffcv/kqcfyZbdZTSe6JCnmuZIh57ZEJt3fASQAzGrm88rHKnxveSmbkaYhN5oqCzvTWWTES89FGl3otZzp0sEZjINUnuGHCBbFHfIC4L15DD/UiDrFdBtefR3mVviuCedWsSo0+RdTq7q9qGwEDpd13UWG8aRZyhL6yjwkg== 色情最新电影免费观看的网站,最新国自产拍天天更新,97大香伊蕉国产,红色一片一片的视频,亚洲国产精品无码中文字